近年來，患便祕的兒童日益增多。兒童便祕的原因，除患有器質性病變（巨結腸、腸息肉等）外，大都由於飲食結構不合理，或者平時飲水少，或者沒有養成按時排便的習慣所致。絕大多數的兒童便祕都是功能性的。下面是幾個嬰幼兒便祕的常見原因：
1.飲食因素
嬰兒飲食太少，飲食中糖量不足，均可以造成消化後殘渣少，大便量少；飲食中蛋白質含量過高使大便呈鹼性、乾燥，次數減少；食物中含鈣多也會引起便祕，如牛奶含鈣比人奶多，因而牛奶餵養的寶寶比母乳餵養更易便祕。
2.膳食纖維攝入不足
很多小孩不喜歡吃蔬菜，大量食用高脂肪、高膽固醇的食品，再加上一些缺乏健康知識的家長又不知道引導，這樣造成腸胃蠕動緩慢，消化不良，食物殘渣在腸道中停滯時間過久，從而引起便祕。
3.習慣因素
由於生活沒有規律或缺乏定時排便的訓練，或是因爲生活環境突然改變，均有可能導致便祕。
4.疾病
甲狀腺功能低下、營養不良等疾病患兒腹肌張力差，導致腸蠕動減弱；肛裂、肛門周圍炎症，寶寶因怕痛而不解大便，導致便祕；先天性巨結腸的患兒，生後不久便有便祕、腹脹和嘔吐；腹腔腫瘤壓近腸腔時大便不能順利通過，也可引起便祕。
