90％的兒童便祕是功能性便祕。長期以來，人們認爲功能性便祕無器質性病變，兒童除便祕外，其他各方面與無便祕的兒童沒有任何區別。但是，隨着醫學科學的發展，現已發現，功能性便祕兒童的肛管靜息壓比無便祕的正常兒童高，排便時其肛門外括約肌不是放鬆，而是收縮；直腸內B超發現，功能性便祕兒童的肛門內括約肌增厚；血清生化檢查發現，功能性便祕兒童的血清胰多肽水平增高，腸蠕動素水平下降。有學者報道，20％的功能性便祕兒童有精神因素，例如沉溺玩耍、父母不和、有了弟妹、搬家、轉學以及學習負擔過重。
兒童便祕應請小兒內、外科醫師診治。在制訂治療計劃前，要先排除其他原因引起的便祕：①肛門直腸疾病。例如便祕兒童的大便乾硬，易損傷肛管而發生肛裂。肛裂引起大便時肛門疼痛，兒童可因懼怕肛門疼痛而憋便，憋便時間越長，大便越硬，排便時肛門越痛，形成惡性循環。有報道指出，約25％的功能性便祕兒童有肛裂。②神經源性便祕。例如先天性巨結腸症、神經源性腸發育不良、腦脊膜膨出症以及腦癱。③內分泌和代謝病繼發便祕，例如甲狀腺功能低下、隱性糖尿病、腎性酸中毒以及高鈣血癥。④藥物引起的便祕，例如長期服用抗癲癇藥或含可待因的藥物。
在功能性便祕的治療上，首先應通過教育，使患兒父母和年長兒童獲得正常排便和預防便祕的知識，排除影響排便的精神因素，學會正確大便訓練方法，掌握灌腸或使用開塞露等簡單的操作方法。其次，清除積聚的大便，常用方法有灌腸，如用0.9％生理鹽水或1：1牛奶蜜灌腸，避免用肥皂水或自來水灌腸。乾硬的大便可用戴橡膠手套的手指掏出。另外，在醫生指導下服用瀉劑，如蕃瀉葉、鎂乳、杜祕克、石蠟油等。如果兒童能正常進食穀類、麪食、蔬菜、水果或果汁，一般不需要額外補充纖維素。養成每天定時大便習慣很重要，要指導兒童學會坐便盆大便。小兒進食後通常會產生胃結腸反射，家長要充分利用這種反射讓孩子在進食後大便。
