(一)治療
治療原則：針對病因治療，糾正營養缺乏和使用必要的代謝療法。
1.病因治療
(1)停用不耐受的飲食：如乳糖吸收不良者停止進食含乳糖的食物。
(2)補充缺乏的消化酶：如乳糖吸收不良者用乳糖酶，胰腺功能不全者用胰酶。
(3)細菌感染所致的慢性腸炎可酌情使用抗生素，另可適當使用微生態製劑。病因除去後，症狀多數可緩解。
2.營養治療
原則上應用高熱量、高蛋白、低脂肪食物。重症者往往厭食、消化吸收功能差，進食的食物和藥物常完整地從糞便中排出。此時可先用腸道外營養，症狀好轉後可改爲要素飲食口服，即應用易消化或已半消化的食物。如脂肪用中鏈三酰甘油，糖用麥芽糖糊精或葡萄糖製成，蛋白用水解蛋白或氨基酸製成。少量多餐，逐步遞增，循序漸進。目前有不含乳糖的奶粉及水解蛋白要素飲食。
3.對症治療
(1)補充必須的維生素、無機鹽和微量元素。
(2)及時糾正水、電解質和酸鹼平衡紊亂：從理論上講治療很簡單，只要從飲食中除去不耐受的雙糖或單糖即可奏效，但實際執行中有不少具體困難，例如怎樣找到符合要求的飲食，限制糖後熱卡如何維持，糖量限制到什麼程度可使病兒保持無症狀。
先天性葡萄糖、半乳糖吸收不良，可給不含糖的豆奶，另加5%左右果糖餵養，2～3歲後病兒吸收功能常有所恢復，可耐受小量澱粉及乳糖，但含澱粉及乳糖的食物可加至什麼程度，需醫生與家屬共同做出努力，反覆試驗。
蔗糖-異麥芽糖吸收不良，自幼即需限食蔗糖即可不引起症狀，如奶製品中不加蔗糖，可用葡萄糖代替，也忌服含糖漿的藥物。隨着兒童成長可漸放鬆對蔗糖的嚴格限制，但需反覆試驗。一般無需限制澱粉，因澱粉中含1，6糖苷鍵的支鏈寡糖的成分很少。
先天性乳糖酶缺乏病兒禁食乳糖，包括各種乳類及含乳的食品。嬰兒可用不含乳糖的奶粉、豆奶粉或代乳粉餵養，也可購買豆漿100ml+葡萄糖5～10g按牛奶需要量計算餵養。也可自制豆漿(500g黃豆，4L水，磨製)，製成豆漿後每500ml加食鹽0.5g、乳酸鈣1.5g、澱粉10g、葡萄糖30g。
多數繼發性雙糖酶缺乏病兒只需暫時限食乳糖或給低乳糖奶，如發酵奶或低乳糖奶粉有的則需同時限制蔗糖。原發病恢復後2～3周內多數病兒雙糖酶功能逐步恢復，即可逐漸恢復正常飲食。小兒腸炎在急性期檢測大約有60%～70%有乳糖酶缺乏，但是隨着急性腸炎的康復，乳糖酶功能也很快恢復正常，所以急性腸炎時並不需要常規應用低乳糖飲食，或低乳糖飲食只用在遷延與慢性腹瀉久治不愈者，或檢測伴有乳糖酶缺乏的患兒。
繼發性單糖吸收不良者較少見，需在飲食中去除所有糖，病程中維持足夠熱卡有困難，代謝性酸中毒不易控制，此時常需由靜脈暫時補充一定熱卡，待病人恢復，可逐漸恢復正常飲食。
糖吸收不良所引起的脫水、電解質紊亂應首先由靜脈予以糾正。
(二)預後
常因繼發感染或水、電解質平衡紊亂至臟器功能衰竭而死亡。
