鈣元素含量和吸收率不同
碳酸鈣含鈣量達40%，吸收率在12%—38%
醋酸鈣含鈣量大概在25%左右，吸收率爲69%—82%。
服用後副作用不同
碳酸鈣有三種製劑類型，嚼服的鈣片、顆粒沖服、碳酸鈣粉膠囊。碳酸鈣在代謝過程當中，會消化消化道當中的一些水分，可以使大部分的人出現便祕、胃酸分泌不足，因此，長時間服用碳酸鈣可能會出現習慣性便祕。
醋酸鈣常用製劑有兩種：顆粒沖劑&醋酸鈣膠囊。前一種往往適於孕產婦、嬰幼兒、吞嚥困難人羣服用；後一種適用於成人服用。醋酸鈣因其特殊加工特性，往往不添加香精等調合口味，口感少差了一些，導致有些患者因此而選擇了其他產品；目前尚未證實因醋酸鈣做補鈣用品導致的毒副作用。
服用禁忌不同
醋酸鈣與磷結合能力比同鈣量的碳酸鈣大，可有效減少腸對磷的吸收，因而更適用於高磷血癥患者的治療。
習慣性便祕的病人不能使用碳酸鈣，腎膽結石的病人不能服用碳酸鈣製劑。
價格不同
從醫院藥價對比來看，碳酸鈣因製作成本低，價位普遍僅爲醋酸鈣產品的一半。
