(一)治療
1.藥物治療小型缺損者無須治療。然而，在進行可能導致短暫菌血症如牙科或其他創傷性治療以前，爲避免細菌性心內膜炎的發生，需事先用抗生素預防。有中至大型左向右分流，產生心力衰竭的嬰兒，當可能出現缺損部分或完全自然關閉時，也可最初以藥物治療：
(1)利尿藥：降低心臟負荷和體循環靜脈的充血狀況。螺內酯(安體舒通)有保鉀作用。同時使用呋塞米和螺內酯(安體舒通)，無須額外補鉀。
(2)地高辛：但在小嬰兒最初出現負荷加重時一般不用。
(3)血管擴張藥：如依那普利和卡託普利能有效降低體循環的超負荷狀況。在長期使用這些藥的過程中，應定期檢測血電解質、地高辛水平、腎功能情況。當藥物治療無效，則表明需儘早實施手術治療。
2.外科治療
(1)手術指徵：對於不伴其他畸形的單純室間隔缺損，藥物不能控制心力衰竭;有大的左向右分流，出現活動受限、反應差的;肺高壓反覆肺部感染者。若肺∶主動脈血流量大於2，說明至少存在中型缺損，需要行手術關閉缺口;該比值不到2∶1，不會出現肺動脈高壓，一般先以藥物治療，1～2歲後複查心導管了解左向右分流量的變化及肺血管阻力;如果5～6歲小兒肺動脈壓力仍持續高於主動脈50%，爲減少肺血管疾病的發生，也需要進行手術。大多數病人在3～12個月時做手術，在這年齡階段行室間隔缺損修補術，肺動脈壓力可恢復正常。在心血管治療中心，現在行手術修補室間隔缺損的嬰兒病死率接近於0。
(2)術後早期併發症：心室功能不良引起的心臟低位流出道綜合徵，完全性傳導阻滯，肺動脈高壓危象。
(3)手術治療：大多室間隔缺損可經心房路徑修復，此外，通過該路徑亦可切除肥厚的漏斗部肌肉;動脈下型缺損可經主動脈瓣路徑，但對一些肌部缺損的關閉手術必須以左心室或右心室爲入口;有多個孔洞的肌部缺損小兒手術難度較大，先行肺動脈環縮術可減少分流量，1～2年後再行缺損關閉手術。手術加導管方案治療多發孔洞型室間隔缺損將可能越來越普遍。動脈下缺損併發主動脈瓣疾病是早期手術的指徵，而不是取決於分流量的大小。但是，對於無主動脈瓣畸形的宣間隔缺損，手術治療的必要性尚有爭議：有人主張爲了避免主動脈瓣併發症的出現，所有的動脈下型缺損均應手術治療。而最近研究表明，小於5mm的缺損不可能引起主動脈瓣畸形及主動脈反流，缺損小於5mm沒有臨牀症狀的病人可僅以藥物保守治療;對伴有嚴重主動脈瓣脫垂和主動脈反流的患兒，除了行缺損關閉術外，還需行主動脈瓣修復手術。大型室缺引起嚴重肺高壓者，在決定是否手術以前，先要仔細瞭解肺血管阻力和肺血管擴張術後肺血管阻力下降程度。行心導管術時，控制吸入100%氧及NO氣體，可觀察肺血管的反應程度。肺循環阻力大於8 Wood單位，通常列爲手術禁忌。出現艾森門格綜合徵者，只能行心臟移植術。
3.經導管介入治療目前，已有很多填補裝置用於經導管閉合室間隔缺損的治療中。用於填塞缺損的裝置有Clamshell傘、Rashkind傘、Sideris鈕釦等。這些裝置最大的限制在於使用時需要有大的傳導系統和相關的複雜置入技術，且對於填塞物的復位、調換及殘留缺損的修復則無能爲力。近來，Amplatzer室缺填塞裝置，尤其對於肌部型缺損非常有用。Thanopoulos等報道其對8名2～10歲患兒肌部缺損的治療，2名患兒缺損即刻關閉，其餘5名在術後24h內缺口也關閉，1名在術後6個月仍存在小的分流殘餘。不同於肌部缺損，膜周部缺損因其接近於主動脈和三尖瓣以及缺口較大，使缺損修補難度加大。常見的併發症包括填塞物移位、主動脈瓣穿孔等，改良的Rashkind傘、Sideris鈕釦可用於晚期併發症的修復。最近，新的改良Amplatzer室缺填塞裝置已開始在臨牀上使用，該裝置爲一個左側偏心固定圓片，在填補膜周部室間隔缺損時，不影響主動脈瓣的活動。但尚有待進一步驗證。
(二)預後小型缺損預後良好，自然關閉率高達75%～80%，大多在5歲內關閉。
但小兒有患感染性心內膜炎的可能。大約10%～15%嬰兒會發展爲充血性心衰，需要藥物或手術治療;早期伴有肺動脈高壓的小兒，1歲時可產生肺血管疾病，那些出生後肺血管阻力未降的兒童，青紫可爲首發症狀;艾森門格綜合徵的病人，多可活到40歲以上，其死因包括咯血、心力衰竭、感染性心內膜炎、腦膿腫、血栓栓塞、妊娠及心律失常引起的猝死。大多手術病人的遠期療效良好，少數出現心臟完全性傳導阻滯，需要安置起搏器。至於一過性的術後心臟傳導阻滯也可發生晚期猝死。同樣，術後心室異位也易引起心室心律失常導致猝死。可常見小的殘餘分流，通常這些殘餘室缺不會引起血流動力學紊亂，但是仍需終生用抗生素預防細菌性心內膜炎。
